崇禎皇帝本來還想讓周延儒再當一段時間的內閣首輔，好使他能夠從容地選擇繼任者，從而保持朝政的穩定，避免因時間倉促而引發不可收拾的局面。
可兵科給事中郝?、御史蔣拱宸的兩封新彈章呈奏上來后，崇禎皇帝就再也坐不住了……
其實，吳昌時與董廷獻貪腐賣官諸事，崇禎皇帝都還能夠忍受，畢竟這些瑣碎小事暫時還不足以威脅到他對大明的統治，無非是癬疥之疾罷了。
但吳昌時與董廷獻暗通內廷之事，卻叫他無法容忍，尤其是已經被公諸于眾的情況之下！
如果這個時候，崇禎皇帝還繼續裝糊涂的話，那就等同于公開縱容外官暗通內廷，這個后果也是崇禎皇帝所不能承受的。
六月二十三日，圣旨從宮里傳出——著錦衣衛的指揮使、都督僉事駱養性，立刻將吏部文選司郎中吳昌時逮拿，下鎮撫司獄；周延儒的門客董廷獻逮拿，下鎮撫司獄。
隨著吳昌時、董廷獻這兩員得力干將被逮拿下獄，朝堂上的勝負已成定論，再無人出言為首輔周延儒辯護，而周延儒的值房也已無人問津，就連次輔陳演也對之望而卻步。
此時，在京中已經出現了針對周延儒的誹謗，城墻街巷里貼出一些匿名的傳單，上面寫有“終日召，召出一個大曹操；終日對，對出一個大秦檜”的對聯，似乎預示著周延儒今后的悲慘下場。
其實，周延儒的心里也已是真的著了慌，他甚至想將自己關在家中，閉門謝客，不再與任何人相見，可若真是那樣反倒顯得他做賊心虛。
所以，他這才硬頂著頭皮早早來到內閣值房，免得有些人見不到他，反而會更為猖狂地攻訐彈劾，說不定連自己家里幾天倒一次馬桶都給抖落出來了。
“不該來的盼不來，而該來的總也躲不掉！”
被鎮撫司逮拿才一日不到，宮里面便有消息傳出，言崇禎皇帝已親臨中左門當面審問了吏部文選司郎中吳昌時和董廷獻二人，更命其當場同御史蔣拱宸對過了口供……
至于，崇禎皇帝親自審問吳昌時、董廷獻的具體情形經過，外人自然無從知曉，而知情人也不敢稍有透漏，但這并不能阻止外間的猜測之聲。
畢竟，這一場關乎當朝內閣首輔命運的御前審訊，除了牽連到朝廷未來格局，更牽扯著眾多人未來的命運，怎會不成為京城人們關心所在呢？
雖然不清楚具體過程和情節，但大家可以從結局往上倒推呀！
就在崇禎皇帝御審吳昌時二人的當天傍晚，外界便已得知吳昌時和董廷獻遭受了嚴厲的酷刑折磨，且在當天夜里他們二人就死在了鎮撫司獄中。
可當人們紛紛猜測周延儒在劫難逃之際，崇禎皇帝卻忽然大發慈悲，他一改往日刻薄寡恩的做派，并沒有過于深究周延儒的問題……
六月二十五日，大明內閣首輔周延儒上書請辭中極殿大學士銜及內閣首輔之職，未獲圣準。
六月二十六日，周延儒又再次上書請辭少師職銜，得到了崇禎皇帝的允準。
六月二十六日當晚，崇禎皇帝下旨令內閣并六部、都察院、大理寺等對周延儒“懷私植黨，誤國覆邦”等罪狀，從公察議。
都察院左都御史李邦華對周延儒二次復出后的政績予以肯定，他雖然指責周延儒不能“永矢精白”，按罪定議，罪應下失誤封疆一等。
但李邦華也堅持皇上有“曾居首輔，寬其拿解”的明旨，因此他希望能對周延儒從寬處理。
而大理寺卿凌義渠則毫不顧及周延儒復出后的政績，他大肆揭露其為政為人奸邪品格，認為大明律雖有“議貴”之條，然也不能成為寬恕周延儒的托詞。
不過，刑部尚書張忻則傾向于都御史李邦華的意見，最終三法司的結論是擬將內閣首輔周延儒判定終身充軍。
不過，三法司的結論通過內閣報到宮里的時候，卻又被崇禎皇帝自己給推翻了……
崇禎皇帝感念周延儒二次復出內閣首輔以來，殫精竭慮，操勞國事，未有大錯，今雖有種種不妥，然多為其下屬所為，其多不知情。
因此，在周延儒上書言說自己正席蒿待罪，自請戍邊時，崇禎皇帝卻下了一道語氣極其溫和的圣旨，說周延儒“佐政多年，朕不能盡其謀猷，皆朕之過也”，委過自身而為其開脫。
最終，周延儒于六月二十九日，以一種十分體面的方式致仕回鄉了。
…………
周延儒雖然被罷官致仕，可內閣首輔乃百官之長，不可久空。
然時間緊急，崇禎皇帝也沒有更為合適的人選，不得已之下也只能下旨“著次輔陳演，暫代首輔之責”。
內閣首輔雖然換了人，可中原的流寇還在，開封之危并沒有完全解除，這督師剿賊的人選仍舊是當務之急。
原本，周延儒在致仕之前，曾經向崇禎皇帝建言除了侯恂之外，也可考慮以永寧伯張誠出任中原剿賊督師一職。
對此他的解釋是，永寧伯以一己之力，就抵住了李賊數十萬人馬，使賊不得寸進，足見其能，而侯恂雖有恩于左良玉，可左良玉新敗之下，倉促間未必能成勢，因此不如以永寧伯為剿賊總督，暫時穩住中原局勢，待孫傳庭陜兵成軍，左良玉也恢復元氣，再派出德高望重的知兵忠臣居中運籌，四方合圍，或可將李賊殲滅于河南境內。
崇禎皇帝一時間也覺得周延儒說得有些許道理，可朝廷已百多年沒有武臣出任總督之事發生，他覺得事關重大，竟未敢做出決斷來。
而今，雖然周延儒致仕回鄉，但開封城下的李賊大軍還在，這剿賊督師的人選問題也到了不能再拖下去的時候啦。
七月初二日，崇禎皇帝傳召戶部尚書兼武英殿大學士陳演、禮部尚書兼東閣大學士吳甡、詹事兼掌翰林院黃景昉、工部尚書兼東閣大學士蔣德璟等內閣成員，以及吏部尚書鄭三俊、左副都御史方岳貢等官前來乾清宮召對議事。